永住外国人に対する地方選挙参政権賦与問題に関しては、日本への政治参加が在日同胞の民族意識を稀薄化させることにつながるとして反対の論陣を張り、参政権獲得運動の中心である民団とは正面から対立している。参政権がもたらす党派分裂を危惧する声と結論が一致しているが、あくまで日本への政治参加に反対であるとの議論を、公式には撤回していない。
日本においては前述のように「権利能力のない社団」であるが、北朝鮮本国では度々記念切手に登場している。1965年4月27日には「総聯結成10周年」の記念切手が発行され、背景に総聯ビルを配し日韓基本条約締結反対運動をする群像が描かれるなどしている。また北朝鮮郵政当局は1975年、1985年、2005年にも総聯ビルを描いた切手を発行している。そのため、総聯は北朝鮮の政治機関との位置づけられているといえる。
1950年代から1980年代にかけ、朝鮮総連は北朝鮮を「地上の楽園」などと宣伝し、在日朝鮮人とその家族の多くを集団的な永住帰国・移住させた。これが原因となり、2000年代に入り脱北者を中心に相次いで朝鮮総連に対する訴訟が行われている。2008年6月には、日本在住の脱北女性が朝鮮総連を相手に大阪地裁に訴訟を起こし、原告女性によると、朝鮮総連の「北朝鮮は地上の楽園」などという嘘の宣伝により北朝鮮へ帰還したが、実際は過酷な労働を強いられ、拷問され、差別され、囚人や奴隷と変わらない生活を強いられ、「（朝鮮総連は）人をだまし、組織的に誘拐した。人権と自由を無差別に奪った悪魔みたいな団体だ」「私1人の問題ではない。今も強制収容所の中で必死で生き延びようとしている人がいる」と訴えた。この訴えに対し、朝鮮総連は「同胞社会と日朝関係に害を与える以外のなにものでもない」と主張した。
2008年8月、韓国で、脱北者になりすました女性スパイが逮捕される事件が発生した。このスパイは、韓国軍の将兵に対して性的な関係を結んで機密情報を得る、いわゆるハニートラップを行っていた。そして、このスパイが日本でも情報収集活動を行っていた事が、韓国検察の起訴状によって判明した。
このスパイは、2007年6月から2008年5月、3回にわたって来日し、長い時には2か月以上も滞在している。そして、日本での調査を手伝ってくれる人物として、朝鮮総連の傘下団体の幹部と同名の人物と、もう大阪在住の「社長」という肩書になっている人物の2人が起訴状に実名で書かれている。
起訴状に読み上げられた傘下団体の幹部は、「朝鮮総連の関係団体の幹部で、同じ名前は自分しかいない」とした上で、「元被告と会ったこともないし、聞いたこともない。保衛部にも知り合いはおらず、全く関係がない。勝手に名前を使われたのだろう」と関与を否定している
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