ラムセス2世のミイラは1881年に発見され、現在はカイロのエジプト考古学博物館に収められている。身長は183?もあり、当時はおろか現代に於いてもかなりの長身であることがわかる（古代エジプトの成人男性の平均身長は160?165?であった）。また、調査によって生前関節炎を患っていたものの、死亡推定年齢が88?92歳とかなりの長命でもあったことも突き止められている（古代エジプト人の平均寿命は35?40歳であった）。生前のラムセス2世の健康状態が高齢に達してなお、極めて優れていたかも理解できる。また、ミイラに残っている頭髪から髪の色は赤茶であると推定されている。
なお、ラムセス2世のミイラはテーベ大司祭パネジュウム2世の家族墓で見つかったが、過去2回埋め直されている。
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今なお生けるファラオ
20世紀後半になって、ラムセス2世のミイラは劣化防止措置を受けるためフランスへ出国し、儀杖兵が捧げ銃を行う国王への礼をもって迎えられた（ミイラの皮膚組織にカビの1種が発生したため、調査を兼ねてカビの除去を行う必要があった）。この時には生きているエジプト人の扱いでパスポートも支給され、職業の欄には「ファラオ」と記入されていたというエピソード（すなわち、エジプト・フランス双方とも「現役のエジプトのファラオが病院に入院するために出国・来訪した」ということで行動した）も伝わっており、偉大なるファラオへに寄せるエジプト人の敬意の深さがうかがえる。
孫娘イシスネフェルトの墓
2009年3月4日、吉村作治率いる早稲田大学・サイバー大学合同古代エジプト調査隊は、エジプトの首都カイロ南方にあるアブ・シール南丘陵遺跡において、ラムセス2世の孫娘であるイシスネフェルトの墓を発見したと発表した。第4王子カエムワセトにはイシスネフェルトという名の一人娘がいたことは判明していたが、丘陵の地下で発見された埋葬室の中に石灰岩製の石棺があり、「イシスネフェルト」という名前が書かれていたことなどから、孫娘と判断した[1]。
だがエジプト考古最高評議会は墓の建築様式や、そもそも古代エジプトにはイシスネフェルトという名前の女性が多かったという理由などから否定的な見方を示していると伝えられており、石棺の中にあった3体のミイラの正体解明については今後の研究が待たれる